Proteine können entweder kovalent oder über spezifische Tags an eine Sensoroberfläche gekoppelt werden.
Bei der Interaktionsanalyse mit einem potentiellen Bindungspartner kann die Bindungskinetik anhand zweier Analyt-Konzertrationen grob abgeschätzt werden (qualitative Analyse). Alternativ können wir die exakten kinetischen Daten (kass, kdiss, KD) durch Injektion von 8-10 verschiedenen Konzentrationen des Bindungspartners bestimmen (quantitative Analyse).
1. Qualitative Interaktionsstudien :
- qualitative Untersuchung des Analyten zur Abschätzung des KD-Wertes und der zu erwartenden Kinetik der Interaktion
- Optimierung der Messzeit und der Pufferbedingungen zur Verringerung unspezifischer Bindungen
- Untersuchung des Einflusses von pH-Wert, Ionenstärke und Liganden auf die Interaktion
- Optimieren der Regenerationsbedingungen inklusive Test der Bindungsaktivität des immobilisierten Liganden nach der Regeneration
- Untersuchung von Massentransport-Effekten
2. Quantitative Interaktionsstudien :
- Berechnung von Assoziations- und Dissoziationsgeschwindigkeitskonstanten durch Messung von Konzentrationsreihen des Analyten
- Berechnung des KD-Wertes mittels verschiedener Auswertungsverfahren
- Untersuchungen zur Bildung multipler Komplexe
- vier parallele Flußzellen erlauben die hochreproduzierbare und simultane Interaktionsanalyse mehrerer Interaktionspartner gleichzeitig
PROTEIN / PEPTID Wechselwirkungen
Für einige Interaktionsstudien, die sich mit der Protein-Peptid-Wechselwirkung (z.B. ein Enzym mit einem Inhibitorpeptid oder ein Protein mit einer kurzen Bindungsdomäne) beschäftigen, ist es notwendig, das Protein auf dem Chip zu immobilisieren und den niedermolekularen Bindungspartner in Lösung über den Chip zu geben.
Biaffin hat Methoden entwickelt, um auch kleine Analysensignale von Peptiden und niedermolekularen Substanzen sicher auszuwerten, um reproduzierbare kinetische Daten auch für diese Substanzklasse zur Verfügung stellen zu können.
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